MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Roseobacter denitrificans plasmid pTB2

Total Repeats: 136

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008387	GC	3	6	31	36	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008387	CGGT	2	8	40	47	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_008387	TCG	2	6	62	67	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008387	TGG	2	6	80	85	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008387	CGA	2	6	129	134	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008387	AAG	2	6	142	147	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008387	GGC	3	9	207	215	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008387	GC	3	6	258	263	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008387	CAG	2	6	360	365	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008387	GC	3	6	465	470	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_008387	GTCTG	2	10	651	660	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_008387	GC	3	6	664	669	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_008387	TGC	2	6	689	694	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008387	GC	3	6	693	698	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_008387	GCC	2	6	731	736	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_008387	CG	3	6	748	753	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
17	NC_008387	GCAG	2	8	3209	3216	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_008387	GAC	2	6	3259	3264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008387	C	7	7	3264	3270	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
20	NC_008387	GTTCC	2	10	7774	7783	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_008387	A	8	8	9486	9493	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008387	AGTC	2	8	9506	9513	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_008387	GAT	2	6	13911	13916	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008387	CAA	2	6	17162	17167	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008387	AAG	2	6	17227	17232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008387	TTCA	2	8	17282	17289	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_008387	AT	3	6	17361	17366	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008387	GAT	2	6	17386	17391	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008387	GCTTG	2	10	18150	18159	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_008387	GTC	2	6	20435	20440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_008387	TATCCT	2	12	26387	26398	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008387	ATC	2	6	26420	26425	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008387	GC	3	6	26479	26484	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
34	NC_008387	ATTT	2	8	26595	26602	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008387	T	7	7	26600	26606	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008387	CACT	2	8	26677	26684	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_008387	TG	3	6	26793	26798	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008387	GCC	2	6	27575	27580	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_008387	TCTGGC	2	12	27678	27689	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_008387	AG	3	6	27734	27739	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008387	ATT	2	6	27774	27779	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008387	GGGC	2	8	30231	30238	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
43	NC_008387	GC	3	6	30245	30250	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_008387	GAT	2	6	30336	30341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008387	ACG	2	6	30367	30372	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008387	GC	3	6	35131	35136	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008387	ATG	2	6	35158	35163	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008387	T	7	7	36918	36924	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008387	CT	3	6	37125	37130	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_008387	ACA	2	6	37230	37235	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008387	CAGA	2	8	37263	37270	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_008387	TAA	2	6	37299	37304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008387	GTA	2	6	37330	37335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008387	TTG	2	6	38471	38476	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008387	CG	3	6	40606	40611	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_008387	TAA	2	6	41420	41425	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008387	AT	3	6	41433	41438	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008387	GGC	2	6	41642	41647	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008387	CGC	2	6	42496	42501	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_008387	TC	3	6	42553	42558	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_008387	TAA	2	6	42611	42616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008387	T	6	6	42737	42742	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008387	CAT	2	6	44322	44327	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_008387	AGT	2	6	44400	44405	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008387	GT	3	6	44409	44414	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008387	GCAG	2	8	46045	46052	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_008387	TCAG	2	8	46113	46120	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_008387	ATG	2	6	46286	46291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008387	ATC	2	6	46324	46329	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008387	CACT	2	8	46444	46451	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_008387	TCCT	2	8	46480	46487	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008387	GAA	2	6	46535	46540	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008387	TG	3	6	46544	46549	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008387	CTT	2	6	46574	46579	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_008387	CTT	2	6	46663	46668	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008387	GTA	2	6	46679	46684	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008387	ATGG	2	8	46710	46717	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008387	TCC	2	6	47748	47753	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_008387	ATGAA	2	10	47756	47765	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008387	CAG	2	6	47776	47781	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_008387	AAT	2	6	47831	47836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008387	GGC	2	6	47851	47856	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_008387	GGT	2	6	47860	47865	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008387	TCG	2	6	49749	49754	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008387	GTCT	2	8	52039	52046	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_008387	GTG	3	9	52364	52372	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008387	CAG	2	6	54605	54610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008387	AGGGC	2	10	54618	54627	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
89	NC_008387	GC	4	8	54650	54657	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_008387	AG	3	6	56160	56165	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008387	GTT	2	6	56180	56185	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008387	GAT	2	6	56216	56221	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008387	CTT	2	6	56264	56269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_008387	TTA	3	9	56283	56291	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008387	TCT	2	6	56335	56340	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_008387	GCC	2	6	57685	57690	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_008387	CGA	2	6	57692	57697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_008387	CTT	2	6	58777	58782	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_008387	ATTGTG	2	12	58807	58818	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008387	CAT	2	6	60139	60144	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_008387	ACTG	2	8	60172	60179	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_008387	GCC	2	6	60188	60193	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_008387	CAGG	2	8	60206	60213	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_008387	AAT	2	6	60254	60259	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008387	ATGA	2	8	60304	60311	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008387	GGT	2	6	60317	60322	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008387	GAT	2	6	60364	60369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008387	GGT	2	6	60388	60393	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008387	TAT	2	6	60445	60450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008387	TCG	2	6	60521	60526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_008387	GC	3	6	60541	60546	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
112	NC_008387	GCC	2	6	60732	60737	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_008387	GAA	2	6	64135	64140	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008387	T	6	6	64180	64185	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008387	CTG	2	6	64298	64303	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_008387	ACG	2	6	64828	64833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_008387	TTTG	2	8	64939	64946	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008387	TTC	2	6	64947	64952	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_008387	G	6	6	64992	64997	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008387	CCT	2	6	65039	65044	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_008387	CT	3	6	65043	65048	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008387	C	6	6	65108	65113	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
123	NC_008387	GTGG	2	8	65127	65134	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008387	GGT	2	6	65136	65141	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008387	GCG	2	6	65178	65183	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_008387	GCT	2	6	65204	65209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_008387	GCG	2	6	65224	65229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_008387	TCG	2	6	65252	65257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_008387	CTT	2	6	65353	65358	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_008387	TCT	2	6	65418	65423	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_008387	GT	3	6	67379	67384	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008387	GCG	2	6	67415	67420	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_008387	TTG	2	6	67421	67426	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008387	CGC	2	6	67427	67432	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_008387	T	6	6	68435	68440	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008387	GC	3	6	69241	69246	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.